Unter dem neuen Namen „InterRegio“ ,auch kurz IR  genannt,wurden in Deutschland 1988 von der Deutschen Bundesbahn als ein Zugsystem des Fernverkehrs eingeführt und sollte auf Dauer den damaligen angestaubten D-Zug als innovative Neuheit ablösen.

Der Name InterRegio wurde kreiert als Begriff für „in und über Regionen in Deutschland“, wie der Name „InterCity„ in und über alle großen wichtigen Städte in Deutschland und angrenzte Länder „als Begriff bedeutet.

Die Betriebsaufnahme der ersten IR-Linie war am 25. September 1988.

Auch die Zuglaufschilder waren im neuen Design,der Streckenverlauf wurde nun nicht mehr grober Streckenverlauf mit Start und Ziel dargestellt, sondern als Perlschnur, wo alle Haltepunkte schräg aufgeführt waren. Diese Art der Darstellung erwies sich als schlecht leserlich und wurde nach einem Jahr durch die bekannte Beschriftungsarbeit wieder abgelöst.Beide Artender Schilder kann man auf dieser Homepage sehen.

Erste InterRegio Linie fuhren 1988 von:

Hamburg-Altona- Kassel Hamburg-Altona-Fulda
Einzelne Züge fuhren bis Flensburg; Göttingen oder Frankfurt/M.
Vorgestellt wurde das neue Konzept auf der Verkehrsmesse in Hamburg 1988.
Die Deutsche Bundesbahn plante damals, den etwas in die Jahre gekommenen D-Zug, schrittweise durch InterRegio-Züge zu ersetzen.
Bis 1992 sollten dazu 962 D-Zug-Wagen in Weiden in der Oberpfalz umgebaut werden.
Dafür wurden in der strukturschwachen Region im Bundesbahn-Ausbesserungswerk Weiden fünfhundert neue Arbeitsplätze geschaffen.
Der Aufbau des IR-Netzes sollte Mitte 1995 abgeschlossen sein.
Alte Reisezugwagen wurden damals im Ausbesserungswerk Weiden in der Oberpfalz zu modernen IR-Wagen mit Bistrokaffee und Fahrradmitnahmeplätzen umgebaut.
Fast alle InterRegio-Züge hatten keinen Zunamen, es gab aber wenige Ausnahmen.

Viele Regionen und Mittelstädte sollten mit festen, im Takt betriebenen Linien an das Fernverkehrsnetz angebunden werden, unterhalb des damals zuschlagpflichtigen InterCity/Eurocity-Netz und ab 1991 dem ersten Intercity-Express.

1993 wurde der 1000.te InterRegio Wagen ausgeliefert.
Ende der InterRegio-Züge:
Die Zuggattung des InterRegio wurde zum Fahrplanwechsel Sommer 2006 nach knapp achtzehn Jahren eingestellt.
Der letzte planmäßige InterRegio war der IR 2282 am 27. Mai 2006, der von Chemnitz nach Berlin Schönefeld fuhr.