Der Bahnhof Niedernhausen entstand mit dem Bau der Main-Lahn-Bahn von Frankfurt am Main nach Limburg an der Lahn im Jahre 1877 durch die Hessische Ludwigsbahn. Am 15. Oktober 1877 wurde das letzte Teilstück der Strecke zwischen Frankfurt-Höchst und Idstein in Betrieb genommen.