Der Beienheimer Bahnhof hat drei Bahnsteiggleise. Vom Hausbahnsteig an Gleis 1 aus fahren die Züge auf dem verbliebenen Teilstück Friedberg–Wölfersheim-Södel der einst bis nach Mücke im Vogelsberg führenden Bahnstrecke Friedberg–Mücke. Die Züge der Bahnstrecke Beienheim–Schotten fahren bis nach Nidda bzw. Friedberg von den an nicht befestigten Bahnsteigen befindlichen Gleisen 2 und 3.